グレーや黄色表示のフォルダーがありますが、何を意味しているのでしょうか？

*フォルダーの色分けは管理者のみ見れるようになっています.

パーミッションの設定に応じて色分けがされています。黄色は親フォルダーのパーミッションを受け継いでいるという意味で、グレーは受け継いでいないという意味です。カスタムされたパーミッションが付与されているフォルダーはグレーで表示されます.